Die Abteilungen des Instituts haben unterschiedliche inhaltliche Ausrichtungen und sind in einzelne Arbeitsbereiche gegliedert.
Abteilung 1 beheimatet die Arbeitsbereiche Kompetenzen, Lernumwelten und schulische Bildung, Persönlichkeit und Frühe Bildung. Der Forschungsperspektive der Abteilung ist psychologisch und pädagogisch orientiert. Die Abteilung wird von Prof. Dr. Ilka Wolter geleitet.
Zu Abteilung 2 gehören die Arbeitsbereiche Bildungsentscheidungen und soziale Ungleichheit, Migration, Bildungsrenditen sowie Strukturen und Systeme. Die Forschungsperspektive der Abteilung ist primär soziologisch und ökonomisch orientiert. Geleitet wird die Abteilung von Prof. Dr. Corinna Kleinert.
In Abteilung 3 ist das Forschungsdatenzentrum (FDZ) angesiedelt. Weitere Arbeitsbereiche der Abteilung sind pädagogisch-psychologische Methoden, Methoden der Survey-Statistik sowie Softwareentwicklung. Die Abteilung leitet Prof. Dr. Christian Aßmann.
Das Zentrum für Studienmanagement (ZSM) besteht aus den fünf Arbeitsbereichen Studienadministration und -controlling, Erhebungskoordination, Studienkommunikation, Datenschutz in Erhebungen und Surveytechnologie. Geleitet wird das Zentrum für Studienmanagement von Dr. Jutta von Maurice.