Das NEPS nimmt Bildung im gesamten Lebenslauf in den Blick und zwar parallel in verschiedenen Bildungsphasen. Das bedeutet, dass Bildungsverläufe, Prozesse und Entscheidungen von der frühkindlichen Bildung im Kindergarten und der Schule, als auch in der beruflichen Ausbildung, im Studium und selbst noch nach Verlassen des Bildungssystems betrachtet werden. Um für all diese Phasen möglichst zeitnah Daten bereitstellen zu können, sind die Startkohorten, so heißen die je gezogenen Stichproben im NEPS, konzeptionell miteinander verflochten (→ Multi-Kohorten-Sequenz-Design). Die erste Startkohorte (SC6 | Erwachsene) wurde 2009 gestartet, die neuste Startkohorte (SC8 | Klasse 5) 2022.
Die Panelteilnehmenden werden über einen längeren Zeitraum in der Regel jährlich befragt und regelmäßig getestet. Die so gewonnen Daten werden aufbereitet und als Scientific-Use-Files (SUF) für die wissenschaftliche Gemeinschaft 18 Monate nach Feldende der jeweiligen Erhebung bereitgestellt (→ Datenangebot). Diese engmaschige Begleitung wechselte inzwischen für einige der Startkohorten in einen weitmaschigen Modus mit einer Erhebung alle fünf Jahre, bei der langfristige Bildungsoutcomes im Mittelpunkt stehen.